Qual'è la differenza tra Pannello di controllo e app Impostazioni ?

C'è tanta differenza sopratutto per l'organizzazione.
Ci sono più impostazioni nel pannello di controllo però gli utenti, la start screen, la lock screen è gestibile solo da quelle metro

Visto che si tratta tutt'e due di impostazioni, perché non integrarli?

Non lo so, ma se i piani di MS rimangono quelli di Windows 8.1 sparirà il desktop e il pannello di controllo