L'uninstaller non funziona (non toglie niente). Ho provato a cancellare i file da C:\Windows\System32\Macromed\Flash\ ma non me li fa togliere perché non ho le autorizzazioni per farlo (e prima di cambiarle vorrei provare in altro modo).
Ho allora provato a disinstallare l'aggiornamento di Windows Update contenente l'ultima versione di Flash per poi riscaricarlo, ma niente

Non mi vengono in mente altre idee

Non riesco a capire se il problema è relativo alla versione html5 oppure a quella adobe flash. Puoi controllare cliccando col tasto destro sul video.

Versione Flash (infatti il problema c'è anche con qualsiasi altro contenuto flash a schermo intero in altri siti)

Secondo me il problema è attribuibile a due casi: la connessione che ha bisogno del suo tempo per caricare bene i contenuti e una incompatibilità driver. Chrome assieme ad ie11 utilizzano Un proprio flash player già preinstallato.

Potresti provare a disabilitare l'accelerazione driver anche nel flash player, ma l'opzione non appare sempre. Puoi andarci cliccando col tasto destro su un contenuto Flash > impostazioni... > la prima linguetta da sinistra > togli/metti la spunta.

Forse Firefox non ha il flash player preinstallato, potresti installarlo per controllare se i lag persistono.
Oltre ai video flash, non hai notato questi problemi con altri video?

Ho disattivato l'accelerazione hardware e -forse- la cosa è migliorata un pelino, ma il problema persiste comunque. Ho constatato comunque che il problema è presente anche nella versione desktop di IE e anche col player HTML5, quindi immagino sia problema del "schermo intero" da IE. Dico da IE perché tutto va fluidissimo su Chrome e non ho problemi neanche con i giochi a schermo intero.